27 мая 1996 года Законом Брянской области №22-З «О Контрольно-счетной палате» была создана Контрольно-счетная палата Брянской областной Думы с целью осуществления функций финансового контроля за расходованием бюджетных средств Брянской области, внебюджетных фондов, образованных органами государственной власти Брянской области.

Председателем Контрольно-счетной палаты был избран заместитель председателя Брянской областной Думы Чирков Евгений Павлович. Численность сотрудников в то время составляла 18 человек.

Основные задачи Контрольно-счетной палаты и ее планирование определялись Брянской областной Думой. Так, согласно вышеназванному Закону, к основным задачам относились:

• организация и осуществление контроля за своевременным исполнением доходных и расходных статей областного бюджета и бюджетов областных внебюджетных фондов по объемам, структуре и целевому назначению, за законностью использования областной собственности;
• организация и осуществление контроля за средствами областного бюджета, выделяемыми в городские и районные бюджеты;
• определение законности, эффективности и целесообразности расходов областных средств, поступающих от использования областной собственности;
• оценка обоснованности доходных и расходных статей проектов областного бюджета и бюджетов областных внебюджетных и валютных фондов;
• финансовая экспертиза проектов законов Брянской области, предусматривающих расходы, покрываемые за счет средств областного бюджета и бюджетов областных и валютных фондов.

В период с 2000 по 2004 год Контрольно-счетную палату возглавлял Политыкин Александр Павлович.

С 2004 года по декабрь 2006 года председателем был заместитель председателя Брянской областной Думы Подобедов Михаил Андреевич.

12 апреля 2006 года Законом Брянской области № 25-З «О Контрольно-счетной палате Брянской области» была создана Контрольно-счетная палата Брянской области, которая стала правопреемником Контрольно-счетной палаты Брянской областной Думы.

Таким образом, Контрольно-счетная палата обрела организационную и функциональную самостоятельность, стала юридическим лицом, с правом законодательной инициативы в Брянской областной Думе по вопросам своего ведения.

С января 2007 года возглавил Контрольно-счетную палату Брянской области Шинкарев Владимир Александрович.

Заместителем председателя был назначен Кострома Александр Алексеевич.

С 2007 года значительно изменилась структура Контрольно-счетной палаты, в частности, появились аудиторские направления и отдел финансового, материального и административного обеспечения.

В феврале 2007 года по итогам проведения конкурса на замещение вакантных должностей численный состав Контрольно-счетной палаты увеличился до 28 человек.

Все это позволило обеспечить наиболее полный плановый и системный финансовый контроль за целевым и эффективным использованием бюджетных средств Брянской области.

Законами Брянской области от 07 июля 2008 года № 60-З и от 06 марта 2009 года № 15-З уточнены основные понятия и расширены основные направления деятельности Контрольно-счетной палаты Брянской области.

В первую очередь, это относится к проведению внешней проверки годового отчета об исполнении областного бюджета, которая включает в себя внешнюю проверку бюджетной отчетности главных распорядителей средств областного бюджета, главных администраторов доходов областного бюджета, главных администраторов источников финансирования дефицита областного бюджета, подготовку и представление заключений на годовой отчет об исполнении бюджета в Брянскую областную Думу и администрацию Брянской области.

С целью укрепления взаимодействия Контрольно-счетных органов Брянской области, направленного на повышение эффективности государственного и муниципального контроля, 17 июля 2008 года была образована Ассоциация контрольно-счетных органов Брянской области.

Членами Ассоциации являются 33 участника, такие как: контрольно-счетные палаты муниципальных образований с образованием юридического лица, контрольно-счетные органы городских и районных Советов народных депутатов, областная Контрольно-счетная палата.

В 2010 году Контрольно-счетная палата Брянской области успешно прошла сертификацию на соответствие ее деятельности требованиям Декларации принципов деятельности контрольно-счетных органов Российской Федерации, стандартам государственного финансового контроля, федерального законодательства и законодательства Брянской области и 26 октября 2010 года Президиум Ассоциации контрольно-счетных органов Российской Федерации принял решение о выдаче ей сертификата соответствия.

23 декабря 2010 года постановлением Брянской областной Думы В.А. Шинкарев назначен на должность председателя, а А.А. Кострома на должность заместителя председателя Контрольно-счетной палаты Брянской области на новый пятилетний срок.

28 июля 2011 года Брянской областной Думой, в соответствии с Федеральным законом от 7 февраля 2011 г. № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований», принят новый Закон Брянской области «О Контрольно-счетной палате Брянской области», вступивший в силу с 1 октября 2011 года.